新生儿在宫内或在分娩过程中，如果发生缺氧的情况就会刺激胎儿的呼吸中枢，使原本在宫内不呼吸的胎儿出现呼吸，从而将羊水吸入呼吸道和肺，如果清理不及时，会引起新生儿肺部炎症，从而引发新生儿肺炎。
新生儿在宫内或分娩过程中，由于各种原因发生缺氧，由于缺氧胎儿肠系膜血管痉挛，使肠蠕动增加和肛门括约肌松弛而排出胎便。同时缺氧还会刺激胎儿呼吸中枢，使胎儿出现喘性呼吸，将有胎粪的羊水吸入气管和肺内。如果没有清理及时，就会引起肺炎。
由于乳汁在吞咽过程中被吸入呼吸道，或者因溢乳时乳汁被吸入呼吸道，而引起新生儿肺炎。引起乳汁吸入肺内的原因有以下。
一些年轻妈妈听说躺着喂奶可以避免胸部下垂，而在喂奶时采用躺着的姿势。躺着喂奶容易使新生而呛奶，而造成吸入性肺炎。
很多新生儿都会有溢乳的情况，如果家长没有及时处理会导致乳液吸入呼吸到，引起新生儿肺炎。
由于新生儿先天食管胃管发育异常，气管与食管之间有一个漏道相连通，导致新生儿进食呛咳和反流，从而导致新生儿.
早产而吞咽反射不成熟，吞咽动作不协调，容易将乳汁吸入呼吸道，引起新生儿肺炎。
脑部损伤的新生儿，也可使吞咽反射迟钝，使乳汁在咽部排空时间较长，残留的乳汁吸入肺内，引起新生儿肺炎。
吞咽神经肌肉不协调导致，新生儿吞咽时乳汁部分进入食管，部分吸入呼吸道，而引起新生儿肺炎。
新生儿食管闭锁时乳汁不能从食管进入胃内，从而被吸入肺部，引起新生儿肺炎。
由于新生儿食管功能不完整，乳汁进入食管后，反流至咽部，而后吸入肺部，引起新生儿肺炎。
患有腭裂的新生儿，吸允困难，容易引起乳汁吸入反而肺内，引起新生儿肺炎。
新生儿的气管较短，管腔相对狭窄；黏膜稚嫩，血管丰富；黏液腺分泌不足，气道较干燥纤毛运动差，不能有效清除吸入的微生物。感冒时如果没有及时治疗，会使上呼吸道的感染迁延至肺部，引起新生儿肺炎。
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