扁桃体位于消化道和呼吸道的交会处，能够过滤呼吸道的细菌，并产生相应的抗体。因为宝宝的身体比较弱，抵抗力也不强，尤其是刚断奶的宝宝抵抗力会明显下降，一旦遭到细菌入侵，首先就容易使呼吸道受到感染，导致大量的细菌分泌物聚集在扁桃体，从而引起扁桃体发炎。最常见的引起扁桃体发炎的细菌有链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌等。
除细菌感染会使宝宝扁桃体发炎之外，病毒感染同样也会引起宝宝扁桃体发炎，而且因为病毒感染导致宝宝扁桃体发炎占总数据的70%，是引起宝宝扁桃体发炎的主要原因。常见的此类病毒有鼻病毒、冠状病毒、肠病毒、腺病毒、流行性感冒病毒等。
宝宝扁桃体发炎属于上呼吸道感染的一种。人体的整个呼吸道系统都是相通相连的，一旦其中一个器官出现被细菌或病毒感染严重的情况时，其他相连的器官也很容易遭殃。耳鼻喉炎等都有可能促使宝宝扁桃体发炎。
有些急性传染性病也会引起宝宝扁桃体发炎。患有急性传染病的宝宝，扁桃体在受到外界刺激后容易出现过敏的症状，因为这些传染原在体内增殖过快，扁桃体短时间内需要分泌出大量的抗体，当然也有可能是因为感染原会直接损伤了扁桃体，这些都可能会使宝宝扁桃体发炎。引发宝宝扁桃体发炎最常见的急性传染病有：白喉、流感、麻疹、猩红热等。
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