1、胎儿在发育的第8-10月，肝脏才进行肝糖原的储存。早产儿出生时间过早，因此肝糖原的储存量不足。
2、围产期遇到缺氧、酸中毒等刺激时，肝脏细胞会加速肝糖原的分解。同时由于在缺氧环境下葡萄糖消耗的增加，也会导致葡萄糖存储不足。
3、足月小样儿由于宫内生长迟缓，不仅在肝糖原的储存速度上有所不足，将非糖物质转化为糖的能力也十分有限。
4、其他原因导致的葡萄糖消耗增多，如败血症、心脏病、热量不足。
新生儿患严重疾病如窒息、呼吸窘迫综合征、硬肿症和败血症时，往往不能很好地进食，体内现有的葡萄糖消耗量又大，代谢增加、糖消耗增加，摄入减少，从而导致低血糖。
母亲患有糖尿病或新生儿患有半乳糖血症、糖元积累病等遗传性疾病，也会出现小儿低血糖：
1、孕妇患糖尿病：会增加胎儿患高胰岛素血症的几率。由于大量血糖从患病母体涌入胎儿体内，胎儿会增加胰岛素分泌以稳定血糖浓度。此时胎儿被分娩出来，血糖的来源便也会迅速地减少，然而胰岛素的分泌量还依然维持在原有水平来不及调节，于是就会导致血糖急速降低。
2、Rh溶血病：会刺激胰岛素的分泌，导致葡萄糖利用增加。
一些疾病如激素缺乏、糖尿缺陷、先天性垂体功能低下等，还有先天性代谢性缺陷，如枫糖尿症、半乳糖血症等，均能导致糖减少，影响血糖水平，出现新生儿低血糖症。其他如脑垂体、甲状腺或肾上腺等先天性功能不全也可影响血糖含量。
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