正常新生儿体内的血钙浓度应该是2.5mmol/L（10mg/dl），而患有低钙血症新生儿体内的血总钙量＜1.75～2mmol/L（7.0～8.0mg/dl）或游离钙＜0.9mmol/L（3.5mg/dl）。说的通俗点，就是新生儿体内钙失衡，血钙过低。
母亲患有糖尿病、妊娠高血压综合征、产前出血、饮食中钙及维生素D不足和甲状旁腺功能亢进等。糖尿病母亲转给胎儿钙量比正常母亲的转移量高，甲状旁腺功能亢进母亲血钙增高，引起胎儿高血钙和胎儿甲状旁腺的抑制。
颅内出血、窒息、呼吸窘迫综合征、败血症等，由于组织缺氧，磷释放增加，血中磷酸盐浓度增高，导致钙相应降低。部分新生儿甲状旁腺缺如，引起永久性甲状旁腺功能不全面致低血钙。
1、暂时性甲状旁腺功能抑制：如果体重过低早产儿，或者是有过窒息和呼吸窘迫症的宝宝，那么他们的甲状旁腺功能发育情况会暂时比正常宝宝差很多，他们的血钙量也会偏低。
2、先天性甲状旁腺功能不全：这种情况比较少见，发病时间不确定，但是症状持续时间比较久，一般超过3个礼拜。不过大部分患儿甲状旁腺功能，会在后续的生长发育中追上健康的婴儿，所以也是暂时性的
部分新生儿没有选择母乳，而是通过牛乳等其它乳类喂养。而其它乳类对于人类来说，钙磷比例是失调（尤其是牛乳），这会导致其磷的摄入量过多，钙吸收量也因此受到阻碍，血钙相应低于正常水平。
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