创建于1879年的上海，由美国圣公会上海主教施约瑟将原来的两所圣公会学校培雅书院和度恩书院合并成立圣约翰书院，是中国第一所高等教育学府。1905年，圣约翰书院正式升格为圣约翰大学，并在美国首都华盛顿注册。后来发展成为一所拥有5个学院16个系的综合性教会大学，是当时上海乃至全中国最优秀的大学之一，被称为“东方哈佛”。学校直到1947年才向国民政府注册。
在1952年全国高校院系调整中，圣约翰大学被拆散并入上海多所高校，按照并入院系数量排序，依次是华东师范大学、复旦大学、同济大学、上海财政经济学院、华东政法学院、上海第二医学院。其中文、理学院主要并入华东师范大学和复旦大学，圣约翰医学院与震旦大学医学院、同德医学院合并成立上海第二医学院（后改名为上海第二医科大学，2005年改为上海交通大学医学院）。
圣约翰大学拥有许多著名的校友，曾对中国20世纪的历史进程起到过重大影响，其校友多活跃于中国商界、政界、外交界、教育学术界和医务界，知名的校友包括：顾维钧、宋子文、严家淦、林语堂、张爱玲、荣毅仁、邹韬奋、周有光；法学家史久镛；外交家施肇基；政治家俞大维、俞鸿钧、钟士元、鲁平；教育家张伯苓、孟宪承、张建邦；作曲家瞿希贤；实业家刘鸿生、吴舜文、经叔平、宋子良、宋子安、孔令侃；建筑学家沈祖海、陈从周；宗教人士丁光训、邱励、徐诚斌；经济学家蒋中一；科学家钱绍祯、萧孝嵘等人。
2、东吴大学
东吴大学，是美国基督教监理会1900年在苏州创办的教会大学，著名美国传教士林乐知担任东吴大学董事长。民国时期的东吴大学以其法学院之优秀而闻名于中国，被誉为“华南第一流的而且是最著名的法学院”，培养了中华民国外长、总理、著名法学家王宠惠；著名法官、法学家吴经熊、李浩培、潘汉典；中国第一位国际大法官倪征燠等。
1952年全国高等学校院系调整。原东吴大学与苏南文化教育学院、江南大学数理系合并为苏南师范学院，同年改名为江苏师范学院，在原东吴大学校址办学，最终发展成为了现在的苏州大学。其法学院和会计系成为华东政法大学与上海财经大学的基础组成部分。1951年东吴大学部分师资在台湾复校，并于1954年正式成为了如今的台湾东吴大学。其他知名校友有：蒋纬国、谢东闵、谈家桢、赵朴初、查良镛（金庸）等。
3、齐鲁大学
该校是1904至1952年在山东办学的教会大学，由来自美国、英国及加拿大三国的14个基督教教会组织共同筹款联合整合旧有教会学校基础上开办。其前身之一为1864年9月由传教士狄考文和夫人狄朱莉亚创办的登州学堂，1882年升格为登州学院，是和圣约翰大学同一时期的中现代高等教育机构。齐鲁大学校长、毕业于哈佛大学的刘世传自豪地说：“正如我的另一个母校，哈佛大学是美国最老的大学一样，齐大是中国最老的大学，绝对没有一个中国大学能在这一点上赶上齐大！”
1952年全国高等院校调整，齐鲁大学被解体，理学院中的生物、物理、化学三系并入今山东师范大学，药学系并入今中国药科大学；文学院中的天算系并入南京大学，天文台也搬到紫金山；经济系与山东会计专科学校组建山东财经学院；文学院其他专业并入山东大学；农业专科为今山东农业大学；医学院归今山东大学医学院、山东中医药大学、泰山医学院。
4、华西协合大学
1905年基督教各差会决定联合在四川成都创办一所规模宏大、科学完备的高等学府。这是成都乃至中国西部建立的第一所现代化意义的大学，是中国牙科医学发源地，享有“东亚第一”美誉，其文理哲各科在当时的西南地区也处于顶端位置。
1952年院系调整中，该校被肢解，学校医学院接收了重庆大学医学院后建立今四川大学华西医学中心；文理哲学院被并给四川大学；社会学系及民族学(即人类学)组构成今西南民族大学；工学院被合并给今四川联合大学；农学院被合并成今四川农业大学。
5、沪江大学
由美南浸信会和美北浸礼会的成员创办于1906年，原名上海浸会大学。上海浸会大学最初的校长为美国人柏高德博士。1914年中文校名定为沪江大学，并确定校训为“信、义、勤、爱”。1917年由美国弗吉尼亚州颁发学位。1952年高等学校院系调整，沪江大学各系分别并入今复旦大学、华东师范大学、上海财经大学等相关院校，校址移归上海机械学院，为今上海理工大学。
6、雅礼大学
1906年，美国耶鲁大学雅礼会在长沙开办雅礼学校(Yali Union Middle School)，1914年开始，雅礼学校正式改称雅礼大学，开始招本科生。1920年以后，雅礼大学接办了湘雅医学专门学校，成为雅礼大学的医预科(两年制)。1926年，雅礼大学被迫停办，1929年合并于武昌华中大学。雅礼的校园改办“湘雅医学院”(Hsiang-Ya Medical College)，不久又成为中国第一流的医学院校，享有“南湘雅，北协和”的盛誉。
7、震旦大学
1903年2月，法国天主教会在上海创办震旦学院，马相伯为创始校长。1932年改称震旦大学。1952年10月高校院系调整，震旦大学撤销，医学院和圣约翰大学医学院、同德医学院合于原址组建上海第二医学院。其余学院分别并入复旦大学、华东师范大学、上海交通大学、同济大学、南京师范学院、华东化工学院、华东政法学院、上海财经学院等校。
著名校友：何振梁（国际奥委会委员）、蒋丙然（知名气象学家）、王振义（内科血液学专家）、潘承诰（巴黎大学物理博士，指导老师为居里夫人）。
8、岭南大学
岭南大学其前身为经美国美北长老会海外差会同意下，创办于1888年的格致书院。1912年9月，中文名称改为“岭南学校”。1916年开设文理科大学，1918年首届学士生毕业。1927年7月1日正名为岭南大学（Lingnan University），锺荣光为首任华人校长和校董会主席，由中国人自主办校。在1952年的高校院系调整中，岭大各学科经过合并调整，分别组成华南工学院（华南理工大学）、中山大学、华南农学院（华南农业大学）、华南师范学院（华南师范大学）和中山医学院（中山医科大学）。
9、湖滨大学
是美国基督教复初会驻华差会在华教育机构。1902年9月差会在岳阳设立正式小学，称“求新学堂”，1904年差会办理中学。1907年定名为“盘湖书院”。1910年设大学部，更名为“湖滨书院”。1912年更名为“湖滨大学堂”。民国时期，学堂改称学校。
10、华中大学
1926年，两湖地区受到排外运动的严重冲击，雅礼大学、文华书院、博文书院、湖滨大学一度被迫关闭。1929年1月，五个教会的代表在武昌开会，达成共识重组华中大学。长沙雅礼大学、岳阳湖滨书院大学部、文华书院、武昌博文书院大学部，加上英国伦敦会在汉口创办的博学书院合并重组华中大学，地点在文华书院校园内。1952年，华中大学在高校院系调整中被撤销，与其他高校合并组建华中高等师范学校（次年改称华中师范学院，今华中师范大学）。
11、辅仁大学
辅仁大学的校名，为前清贵族后裔英敛之确定，源自《论语·颜渊》书中曾子的格言：“君子以文会友，以友辅仁”。1925年中国天主教领袖人物英敛之、马相伯创建辅仁社，1927 年辅仁社升格为辅仁大学。1951年，人民政府接管辅仁大学，1952年并入北京师范大学。
1960年，辅仁大学在台湾复校。辅大创校迄今将近90周年，在台复校逾50年，海内外校友共计近20万人。校友遍及全球社会各界，在各大专业领域皆有名人。
12、燕京大学
燕大是20世纪初由四所美国及英国基督教教会联合在北京开办的大学。是近代中国规模最大、质量最好、环境最优美的大学，创办于1916年。燕大曾与美国哈佛大学合作成立哈佛—燕京学社，在国内外享有盛誉。燕大有诸多学校整合而成，1919年司徒雷登出任校长后整理校务，面貌焕然一新。1929年起正式设立了文学院、理学院、法学院，总共近20个系。
著名校友有黄昆（中科院院士、中国半导体创始人）、孙道临、周汝昌（著名红学家）、王钟翰（著名清史专家）、王世襄（著名学者和收藏家）、黄宗江、张广达（著名历史学家）、江平、郑念（著名作家）、谢婉莹（冰心）、周南（新华社前社长）、赵兰坤（连战母亲）、、杜联喆房兆楹夫妇（著名学者）、沈昌焕（中国外交教父）、谭其骧（著名历史地理学家、中科院院士）、李慎之（社科院前副院长、周恩来秘书）、俞启威（1949年后天津第一任市长）等。
1952年由燕京大学直接拆分而成的大学包括今中国政法大学（燕大法学院）；中央财经大学（燕大经济系）；中央民族大学（燕大历史系）；部分由燕京大学拆分到的有：清华大学工学院；新闻系及一些社会学科最终并入中国人民大学。燕京大学校址“燕园”成为院系调整后的北京大学校园。
13、太谷铭贤学院
1907年，美国欧柏林大学（Oberlin College）委托孔祥熙先生，在山西太谷县创办私立学校，取名「铭贤学校」，追念各位殉道人士（铭记先贤）。欧柏林大学以经费、教学、教师进修等支持。铭贤学校开始时是小学，继而是中学，最后是成立学院。以「学以事人」为校训，按基督的精神，为社会造就人才。由于师资优良，质量并重，冠于全国。1952年，高校院系调整时，撤销了该校，原址改建山西农学院，现为山西农业大学。
美国欧柏林大学一直为铭贤学堂提供资助，1949年后失去联系，欧柏林大学把资助的钱都存着。待到中美关系缓和后，欧柏林大学派人回来找铭贤学堂，指定要见老铭贤学堂的人。几经战争搬迁，院校合并，人事变迁，铭贤学堂早已物不是、人也非。最后在山西农大找到一个被打成右派的老教授，之后重新建立联系，把中断几十年的资助款和利息一起继续提供。直到今天，两校还保持很好的联系。
14、之江大学
由基督教美北长老会和美南长老会联合创办，1914年正式定名为之江大学。其前身是宁波崇信义塾，1845年由美国基督教长老会创办。1952年因高校院系调整解散，院系拆分至浙江师范学院、浙江大学、复旦大学等，之江大学宣告结束。
校长李培恩（任期1928年--1949年）
著名校友：
潘希珍（1917-2006），笔名琦君，散文家，擅写怀旧抒情散文。
束星北（1907-1983），理论物理学家，“中国雷达之父”，毕生致力于我国教育事业与科学研究。
张理京（1919-1999），著名数学家，翻译家。《美国与中国》译者。
朱生豪（1912年－1944年），是中国翻译莎士比亚作品较早和最多的一人，译文质量和风格卓具特色，为国内外莎士比亚研究者所公认。
15、金陵大学
1920年代在鼓楼新落成的金陵大学校园，美国国会图书馆藏，金陵大学成立于1910年，为合并美国教会美以美会、美国教会基督会和长老会创办的汇文书院、宏育书院而成立的教会私立大学。1934年，金大被美国纽约州立大学承认了与其他国际间大学同等学术地位，并能颁发获国际认可的学士和硕士学位。
1951年9月，私立金陵大学与私立金陵女子文理学院合并为公立金陵大学。1952年院系调整，金陵大学全部文、理、农三个学院中文、理学院并入南京大学，金陵大学校园由南京大学使用，金陵大学所有校印公章、所有档案以及所有院系历届毕业生学籍档案和校名使用权归南京大学所有。金陵大学教育系、农学院、农学院林学系、理学院电机系、化工系等系科和南京大学等大学相关院系组建了南京师范学院（南京师范大学）、南京农学院（南京农业大学）、南京林学院（南京林业大学）、南京工学院（电机系在今东南大学，化工系在今南京工业大学）等校。电影与广播专修科迁至北京组建电影学校（今北京电影学院）。另有部分院系调至其他有关大学。
16、金陵女子文理学院
是中国第一所女子大学，由美国教会美北长老会、美以美会、监理会、美北浸礼会和基督会联合创办，1915年在南京开学。第一任校长是德本康夫人，1928年金陵女大首届毕业生、留美博士吴贻芳接任校长。1951年，私立金陵女子文理学院与私立金陵大学合并为公立金陵大学。1952年全国高等院校院系调整，金陵大学主体与南京大学合并。原金陵女子文理学院校址1952年改为南京师范学院校址，现为南京师范大学随园校区。在南师最初的150名教职工中，原金女大教职工占了三分之一。
17、宁波三一书院
1868年，英国圣公会传教士在宁波设立贯桥义塾。1876年改义塾为三一书院，附设三一神道院。1916年-1952年书院转变为私立三一中学。
18、福建协和大学
1915年9月，美以美会联合公理会、归正会以及圣公会等3个差会，宣布成立“福建协和大学”，1916年2月正式开学。1931年2月，向中华民国教育部立案，改称“私立福建协和学院”。1942年4月，得到教育部批准，改称“私立福建协和大学”。
1951年，中国政府决定接办福建协大和华南女子文理学院两所教会大学，并将之合并成立为“福州大学”。1953年9月，学校改名为“福建师范学院”。1969年停办，1972年5月复校，更名为福建师范大学，并沿用至今。
19、华南女子文理学院
又名华南女子大学，是美以美会（1939年以后称卫理公会）在福州创办的一所教会女子大学。1908年1月，华英女子学堂（华南女子大学预科）成立。1917年，华南女子大学开始创办四年制本科专业。1934年６月华南女子文理学院获教育部批准永久立案。1951年4月，华南女子文理学院与福建协和大学合并成立福州大学。
20、武昌博文书院
1885年，英国循道会在武昌开办博文书院（Bowen College）。20世纪初，开设了大学课程。”迄今已有119年历史。1954年，改名为武汉市第十五中学。
21、北京协和医学院
1906年，英国伦敦会与英美其他五个教会合作开办了协和医学堂，为协和医学院的前身。名为Union，即联合之意，被雅致地译成中文“协和”。1917年9月由洛克菲勒基金会帮助建立北京协和医学院，开办医预科。1919年10月开办医学本科，学制为八年制，是中国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的医学院校，被誉为中国医学殿堂。1929年被国民政府教育部改名为私立北平协和医学院。1951年改名中国协和医学院。1985年后，一度改名为中国协和医科大学。现名“北京协和医学院”。
22、湖北文华书院
由美国圣公会创办于1871年10月20日武昌，初为男童寄宿学校，名叫文惠廉纪念学堂，中文校名为文华书院，英文名Boone Memorial School。1890年增设高中，成为六年制完全中学。1901年翟雅各任院长之后，发展迅速，1903年又增设大学部， 逐步发展成文华大学。1924年改名为华中大学。1951年组建公立华中大学，1952年，全国高等学校院系调整，中华大学的化学、国文两系与私立华中大学等高校合并成立华中高等师范学校（即华中师范大学）。 1953年定名为华中师范学院，1985年学校更名为华中师范大学，一直至今。校址在武昌昙华林街111号，现址湖北省中医学院。华中师范大学于50年代迁至武昌桂子山。
23、沈阳文会书院
是清末时基督新教教会在华设的教育机构，又名文会大学。1910年定名为“文会书院”，该院分为本科和预科。1919年（民国8 年）增设中学部，并于奉天省教育厅备案。1924年（民国13年）因改革学制，大学部停办。
24、天津工商学院
初名天津工商大学，又名津沽大学，为20世纪上半叶法国天主教会在中国天津市创办的一所大学，始建于1920年。1952年高校院系调整中合并调整为天津师范学院，后成为今天河北大学的前身。1970年，原址被天津外国语学院使用，现为天津外国语大学。
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