首先应对症治疗。如绞痛发作时用止痛药物，若发现合并感染或梗阻，应根据具体情况先行控制感染，必要时行输尿管插管或肾盂造瘘，保证尿液引流通畅，以利控制感染，防止肾功能损害。同时积极寻找病因，按照不同成分和病因制定治疗和预防方案，从根本上解决问题，尽量防止结石复发。
一般治疗
1、大量饮水较小结石有可能受大量尿液的推送、冲洗而排出，尿液增多还有助于感染的控制。
2、解痉止痛M型胆碱受体阻断剂，可以松弛输尿管平滑肌，缓解痉挛。通常剂量为20mg，肌肉注射黄体酮可以抑制平滑肌的收缩而缓解痉挛，对止痛和排石有一定的疗效;钙离子阻滞剂硝苯地平，对缓解肾绞痛有一定的作用;α受体阻滞剂在缓解输尿管平滑肌痉挛，治疗肾绞痛中具有一定的效果。
3、控制感染结石引起的尿路梗阻时容易发生感染，感染尿内常形成磷酸镁铵结石，这种恶性循环使病情加重。除积极取出结石解除梗阻外，应使用抗生素控制或预防尿路感染。
按病因治疗
1、原发性高钙尿可使用噻嗪类药和枸橼酸钾，吸收性高钙尿除噻嗪类药、枸橼酸钾外，不能耐受该类药物的需用磷酸纤维素钠，有血磷降低者需改用正磷酸盐。
2、肾小管酸中毒主要使用碱性药物减慢结石生长和新发结石形成，纠正代谢失调。
3、原发性高草酸尿治疗较困难，可试用维生素B6，从小剂量开始，随效果减退而不断加量，同时大量饮水，限制富含草酸的食物，可使尿液的草酸水平降至正常。
4、高尿酸尿。低嘌呤食物、大量饮水可降低尿内尿酸的浓度。
5、高胱氨酸尿可适当限制蛋白质饮食，使用降低胱氨酸的硫醇类药物加以治疗。
6、感染石根据患者情况将结石取出，选择适宜的抗生素控制尿路感染。
外科治疗
疼痛不能被药物缓解或结石直径较大时，应考虑采取外科治疗措施。其中包括：体外冲击波碎石治疗、输尿管内放置支架、经输尿管镜碎石取石术、经皮肾镜碎石术、腹腔镜切开取石术。
中医治疗
中医药治疗结石有悠久的历史，目前在临床中每天都大量运用中医药的方法来治疗病人。大量的临床研究和实验表明，中医药对治疗结石有着以下功效：
肾结石的形成过程是某些因素造成尿中晶体物质浓度升高或溶解度降低，呈过饱和状态，析出结晶并在局部生长、聚积，最终形成结石。
影响结石形成的因素很多，年龄、性别、种族、遗传、环境因素、饮食习惯和职业与结石的形成相关。机体的代谢异常(如甲状旁腺功能亢进、皮质醇增多症、高血糖)、长期卧床、营养缺乏(维生素B6缺乏、缺镁饮食)、尿路的梗阻、感染、异物和药物的使用是结石形成的常见病因。已经知道泌尿结石有32种成分，最常见的成分为草酸钙，其他成分的结石如磷酸铵镁、尿酸、磷酸钙以及胱胺酸(一种氨基酸)等。
肾结石很少有单纯一种晶体组成，大多有两种或两种以上，而以一种为主体。
肾结石(calculus of kidney)为泌尿系统常见病，多发病，男性发病多于女性，多发生于青壮年，左右侧的发病率无明显差异。40%～75%的肾结石患者有不同程度的腰痛。结石较大，移动度很小，表现为腰部酸胀不适，或在身体活动增加时有隐痛或钝痛。较小结石引发的绞痛，常骤然发生腰腹部刀割样剧烈疼痛，呈阵发性。
肾结石的症状取决于结石的大小、形状、所在部位和有无感染、梗阻等并发症。肾结石的患者大多没有症状，除非肾结石从肾脏掉落到输尿管造成输尿管的尿液阻塞。常见的症状有腰腹部绞痛、恶心、呕吐、烦躁不安、腹胀、血尿等。如果合并尿路感染，也可能出现畏寒发热等现象。急性肾绞痛常使患者疼痛难忍。
1、表面光滑的小结石，能随尿液排出而不引起明显症状，固定在肾盂、下肾盏内又无感染的结石也可以无任何症状。即使较大的鹿角结石，若未引起肾盏、肾盂梗阻或感染，也可长期无明显症状，或仅有轻度肾区不适或酸胀感。
2、胀痛或钝痛。主要是由于较大结石在肾盂或肾盏内压迫、摩擦或引起积水所致。
3、向下腹部、大腿内侧、外阴部放射，可伴有排尿困难、恶心呕吐、大汗淋漓等。
4、血尿常伴随疼痛出现。有时候患者无疼痛感，只有血尿或者血量极微，肉眼看不出来。体检时大多包含尿液检查，并且用显微镜检查尿液离心后的沉渣，如果看到红细胞数目过多就表示有血尿，有时正是肾结石的早期征兆。
5、在疼痛和血尿发作时，可有沙粒或小结石随尿排出。结石通过尿道时有尿流堵塞及尿道内刺痛感，结石排出后尿流立即恢复通畅，患者顿感轻松舒适。
6、合并感染时可出现脓尿，急性发作时可有畏寒、发热、腰痛、尿频、尿急、尿痛症状。
7、一侧肾结石引起梗阻，可引起该侧肾积水和进行性肾功能减退;双侧肾结石或孤立肾结石引起梗阻，可发展为肾功能不全。
8、双侧肾结石引起两侧尿路梗阻、孤立肾或唯一有功能的肾结石梗阻可发生尿闭，一侧肾结石梗阻，对侧可发生反射性尿闭。
9、结石梗阻引起严重肾积水时，可在腰部或上腹部扪及包块。
1、泌尿系梗阻肾结石结石致泌尿系管腔内堵塞可造成梗阻部位以上的积水。
2、局部损伤小而活动度大的结石，对局部组织的损伤很轻，大而固定的鹿角状结石可使肾盏、肾盂上皮细胞脱落，出现溃疡、纤维组织增生、中性粒细胞和淋巴细胞浸润，以致纤维化。移行上皮细胞长期受结石刺激后，可发生鳞状上皮细胞化生、甚至可引起鳞状上皮细胞癌，因此应做尿脱落细胞学检查。
3、感染。有无感染对肾结石的治疗和防治有重要意义。尿路感染病人临床表现为发热、腰痛、尿中出现脓细胞。尿培养有细菌时，应同时做药敏试验。
4、肾功能不全。肾结石在合并尿路梗阻时，尤其是双侧尿路梗阻或在此基础上合并严重感染，病人可出现肾功能不全。当梗阻解除和(或)感染得到有效控制，部分病人。肾功能可好转或恢复正常。
5、肾钙质沉积症。钙质在肾组织内沉着，多发生于有高血钙患者。原发性甲状旁腺功能亢进、肾小管酸中毒和慢性肾盂肾炎患者，可有肾钙质沉淀。钙质主要沉淀在髓质内。病变严重时，全部肾实质都可有钙沉着，导致间质纤维化，肾小球硬化和肾小管萎缩。
6、肾组织为脂肪组织代替 。肾结石肾盂肾炎的肾组织萎缩后可为脂肪组织所代替。肾脏维持其原形但普遍缩小。肾包膜与肾的表面紧密粘连，肾组织萎缩而硬化。严重病例所剩肾组织极少，甚至完全消失。肾实质与肾盂肾盏间为灰黄色的脂肪组织所填充。
7、胃肠道症状、贫血等。
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