益生菌通过在肠道占位争夺排挤有害菌，产生的有机酸、过氧化氢和细菌，可以阻止有害菌生长繁殖，起到屏幕作用。
益生菌可调节机体免疫系统，可增强肠道固有免疫，促进肠道粘膜分泌相关的细胞因子和抗体，对维持宝宝肠道免疫平衡气道了一定作用。
益生菌能产生乳糖酶帮助宝宝消化乳糖，减缓乳糖不耐受症所造成的腹胀、返气和腹痛。分解乳糖产生的乳酸，可以促进宝宝体内对钙、铁、磷、锌、维生素D的吸收，同时产生维生素B、维生素K等营养物质。
益生菌作为细菌可调节肠道粘膜淋巴组织的发育，从而减少过敏性疾病的发生。比如益生菌可以使有些宝宝对牛奶过敏的症状减轻，使腹泻得到纠正。
益生菌制剂是一种较为安全的选择，益生菌粉中起作用的是嗜酸乳杆菌、乳双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌、干酪乳杆菌等益生菌，而且只有活着的菌群才有活性，才能起到调理肠道、提高免疫的功效。不同的活菌数量会影响功效。市面上从30万、50万、100万、50亿、300亿活菌数含量的益生菌各不相同。人体摄入数量不是越高越好，家长一定要根据厂家安全指示正确服用。
冲调含有益生菌的奶粉或益生菌制剂时，要使用温开水(35-40℃)给宝宝服用，冲泡好的奶或益生菌制剂要及时服用，以免益生菌死亡失效。
益生菌酸奶，是经益生菌发酵的酸牛奶，除了可以为宝宝提供优质蛋白质和益生菌外，牛奶在发酵的过程中还会产生乳酸、多种B族维生素等，这些有益物质对宝宝的健康有重要作用。适量进食酸奶，既能够获得丰富的营养，也能获得一定量的益生菌。
目前市面上有很多种由牛奶或奶粉、糖、乳酸或柠檬酸、苹果酸、香料和防腐剂等加工配制而成的“乳酸奶”，其不具备酸牛奶的保健作用，家长在购买时要仔细识别。
对牛奶、鸡蛋过敏的患儿，在选择益生菌时，切记不要选择含有牛奶、鸡蛋成分的益生菌产品，以免使症状加重。
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