20世纪70年代中期，有研究发明，当氯和未经处理的水中有机物物质起化学反应时，会生成氯仿这类有害的副产物。美国一癌症研究所经由过程对动物的研究又证实氯仿可能致癌，进而又有人提出饮用用氯消毒的自来水与膀胱、结肠和直肠癌的高发病有关联。
为此，美国及欧盟等国在数年前就开如制定有关限氯标准，以削减饮用水中副产物的含量，对三囱甲烷（如氯仿）限制是每立升80毫克；对其溴化盐和囱乙酸等可能有害的副产物含量也作了限制。有的国家环保部门，还规定自来不加氯消毒前，必须消除水中的活性有机化合物等等。
但对削减氯消毒副产物的办法，一些科学家提出了担心：如各地水源善的差异，水中有机物成分含量有较大差别，加氯消毒所生的副产物含量也可能差别极大，加氯多了有害，加少了将会降低消毒效果，对健康同样晦气，标准实难掌握。还有人指出，加氯消毒的副产物还有不少未知数，如溴化三囱甲烷，比人们懂得得较多的三囱甲烷（如氯仿）毒性更大，当削减了三囱甲烷副产物的总含量有可能改变更学物的平衡关系，最终反而会使那些最令人担心的物质的含量增大。甚至有科学家对氯致癌论的一些研究方法提出质疑，如：虽加氯水中的某些溴化副产物会使实验室的大鼠患癌；然则同样的化学物却未使小鼠患癌；别的，实验室的动物所吸收的量一般是人从饮水中吸收量的几千倍，且在实验室中对化学的副产物是逐个地分开研究，而不明把它混杂在一路。
对加氯会致癌的过度的宣传确给人们带来了各种担忧，但也有科学家认为，人们大可不必谈氯色变。事实是，如今仍没有比加氯消毒的方法更好的办法了，科学家已试行过其它净化水方法，如紫外线消毒、臭氧处理水技巧等，但不是花钱过多，就是效果不理想。而加氯消毒不仅成本低兼，操作方面，更重要的是效果好。
英国科学家约翰。法韦尔强调了饮水持续加氯的重要性，他列举了英国以前50年间发生的10次饮水造成沾染病的疫情，指出有8次是加氯消毒不良所致，他说：你能十分肯定的点是，喝经由加氯消毒的水比喝未经处理的水危险小。所以，只要相符饮水安然标准的加氯自来水，人们应该宁神地喝，要知道，放弃加氯消毒可能铸成大错，秘鲁疫情的伸展可说就是一个教训。
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