遗传是女性子宫多囊问题的一个主要因素，与基因异常有关，少数的子宫多囊患者与染色体异常有关，其发病因素很难进行避免，所以只有早发现早治疗。
女性由于精神紧张、药物及某些疾病影响到下丘脑一垂体一卵巢轴调节功能异常，导致卵巢间质、卵泡膜细胞产生过量雄激素，卵巢内高雄激素抑制卵泡成熟，从而出现一系列诸如闭经、多毛等多囊卵巢综合症的症状。
部分子宫多囊患者是因为肥胖，肥胖患者可表现为高胰岛素血症和耐胰岛素，多数情况是胰岛素受体后信息传导系统的障碍引起，也可有胰岛素受体缺陷引起。
子宫多囊患者存在肾上腺皮质功能异常现象，常由于肾上腺皮质功能亢进，导致渗出过量的雄激素，出现无排卵等症状。
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