母乳性黄疸的病因迄今尚未完全清楚。现根据发生的时间分为早发性和晚发性两类。前者发生时间与生理性黄疸相近，认为主要与母乳喂养不当，摄入不足有关；晚发性多认为与新生儿胆红素代谢的肠肝循环增加有关，常发生于生后1～2周，可持续至8～12周。
母乳性黄疸的发生，可能是因为母乳中含有孕二醇激素，可以抑制新生儿肝脏中葡萄糖醛酸转移酶的活力，使血液中的胆红素不能及时进行代谢和排泄，浓度增加，出现新生儿皮肤和巩膜的黄染。
母乳性黄疸的发生，还可能是由于母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶含量多、活性高，使婴儿胆红素在肠道中重吸收增加而引起黄疸。当新生儿开奶迟，摄入量不足，肠蠕动减少时，β-葡萄糖醛酸苷酶在肠道中分解结合胆红素，还原为未结合胆红素，后者易被小肠重吸收进入血循环，加重黄疸。
母乳性黄疸患儿妈妈母乳中不饱和游离脂肪酸的含量增高，可能会对肝脏葡萄糖醛酸转移酶产生抑制，不利于胆红素代谢，进而出现黄疸。
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