首先，肝功能恢复正常，病毒定量阴转。这是乙肝抗病毒的最基础目标，很多的患者在经过治疗后均可以实现。病毒定量的阴转，肝功恢复正常说明着病毒复制明显减弱或者停止，肝脏区域的病毒活动导致的炎症减轻或者消失，接下来的疾病不会继续进展。使用核苷类似物药物治疗的患者绝大部分很容易实现的，不过这个时候不能马上停止治疗，如果自行停药，会导致病毒反弹。所以不能停药，是巩固治疗，力争下面的目标。
接而，肝功持续正常，HBVDNA持续阴性，e抗原血清学转换。e抗原呈现阳性的慢性乙肝患者在实现上面的目标后继续治疗，有一些的患者能够实现e抗原阴转、e抗体出现。e抗原血清学转换说明人体的机体免疫系统和乙肝病毒之间会有比较大的转变，出现免疫控制。如果想停药，那么e抗原血清学转换先决条件。出现阴转后要再继续使用一年的药物方可停药。主要是因为在e抗原阴转后停药病毒不会那么容易反弹，不过不能排除会反弹，所以要继续用药一年。
最后，是在e抗原阴转的基础上实现表面抗原转阴。如果出现表面抗原的阴转，那么可以说明乙肝病毒DNA已经全面清除。这时停药的话，病毒反弹的的概率会更小以至于不会反弹。现在有长期使用核苷类似物治疗或是核苷类似物与干扰素一起治疗，很多的患者表面抗原的阴转。这对广大患者来说是再好不过了。但是这还不是当前大多数患者能够实现的。
干扰素
干扰素分为常规干扰素和长效干扰素，前者基本上天天都要注射，后者多为一周注射一次。干扰素采用肌肉或皮下注射，疗程至少需要六个月。干扰素、核苷类似物等肝病抗病毒西药以抑制DNA的复制为主，缺点是不能随便停药，长期服用乙肝病毒轻易发生变异耐药。不过长期用药的话会出现像流感样、厌食、恶心、腹泻、抑郁、心绞痛等副作用。
核苷（酸）类似物
另一类是核苷（酸）类似物的口服药，像拉米夫定、阿德福韦酯、替比夫定、恩替维卡等。这些药物也是通过抗病毒，进步免疫力来治疗乙肝的。都是治疗乙肝中常用的很不错的抗病毒药物。拉米夫定能抑制乙肝病毒复制，但缺乏免疫调节功能，但是完全应答率不理想。还有就是阿德福韦、恩替卡韦、替比夫定等，都有不可避开的耐药性，而且药价较高。
药物注意
单纯的乙肝抗病毒治疗药物会产生一些弊端，在乙肝患者在初治选择疗法的时候还是需要谨慎，特别是要注意以下几点：
1、单纯的抗病毒药物仅能抑制病毒复制，不能完全清除病毒，也就是说它能够控制病情进展，但不能完全治愈乙肝。甚至有少数患者对某种药物不敏感，需换用另一种；
2、疗程长（核苷类似物至少为2年，甚至更长时间；干扰素为1年），药物需按时应用，切记不能自行随意停药。在治疗过程中需定期在专科医生处就诊，复查相关指标；
3、同大多数病毒一样，乙肝病毒也容易发生变异，有许多患者未用药也发生了病毒变异（如前C区变异）；同样在抗病毒治疗的过程中，也有可能出现病毒变异，极少数可引起病情突然加重；
4、任何药物都具有一定的不良反应甚至出现一些意外情况。核苷（酸）类似物最常见的不良事件有乏力、呼吸道感染样症候群、头痛、腹部不适和腹痛、恶心、呕吐和腹泻、皮疹等；最严重的不良事件有乳酸性中毒、肾功能损害、肌酸激酶（CK）升高等。干扰素的不良反应相对更多。应当在专科医生处定期随访，防范严重不良事件的发生。
1、没有HBV指标，ALT再高也不要贸然应用抗病毒药，应查找ALT升高的真正原因。
2、急性乙肝时，虽然ALT很高，HBVV也有明显的复制，但也不宜应用抗HBV药物，因为急性乙肝病人免疫功能正常，它们能猛烈攻击HBV，很快会把HBV清除掉，虽然肝细胞有大量损伤，但肝细胞有极强的再生功能，HBV被清除后，能够很快修复而恢复正常。急性乙肝预后良好，仅有极个别的病人可能转为慢性乙肝。
3、慢性乙肝，可能是“小三阳”，也可能是“大三阳”，但ALT一直不高，不超过正常值上限两倍，临床实践证明，这类肝炎使用抗病毒药的应答率很低，效果不好，他们体内还存在免疫耐受问题，此时可暂不应用抗病毒药，要注意观察，定期检测肝功能。
4、肝活检有典型的慢性肝炎改变，甚至是早期肝硬化改变的，此时病人ALT即使不高，如有HBV复制，也应当进行抗病毒治疗。
5、慢性乙肝时，如果ALT升高超过正常值上限10倍以上，黄疸又非常明显，这时更不能自己随意用抗病毒药，必须请专科医生诊治，经验证明，这时应用抗病毒药是非常危险的，而应进行保肝治疗，等到病情稳定后才能抗病毒治疗。
6、乙肝病人应定期复查肝功能和HBV的指标，过去患过乙肝，ALT正常，这可能是疾病的缓解期，肝内炎症反应轻，HBV一般处于比较稳定状态，不必应用抗病毒药，可应用免疫调节药物。
7、乙肝病毒携带者，不管“大三阳”还是“小三阳”，也不管HBVDNA阴性或阳性，均不宜应用抗HBV药物。他们即使有了症状，应当先寻找原因，看有无ALT升高，不要急于应用抗病毒药。
干扰素治疗
1）流感样：尤其是应用干扰素的前几天明显，突出表现是发热、体温长升高可达40℃以上，以38~39℃最常见。一般在用药2~4小时开始出现发热，持续3~5个小时甚至更长。汗出烧退，病人带有流感样感觉，乏力、头晕、头痛、关节痛、咽喉痛。对生活、学习有一定影响，生活质量下降。
2）精神症状：主要是精神抑郁。治疗前如有精神抑郁倾向或性格内向的人轻易发展为抑郁型精神病，值得留意。
3）脱发：发生率较高。用药3个月后80%以上脱发。
核苷类似药物
这种药物功能主要也是抗病毒，进步免疫及恢复肝功。核苷类代表药物有拉米夫定、阿德褔韦酯、恩替卡韦、替比夫定、克拉夫定、恩曲西地平、替诺福韦、普德福韦、阿巴卡韦等。应用于临床的核苷类药品主要是拉米夫定、替比夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦四种。
拉米夫定也有抗病毒作用，且疗效明显，但最大的问题是，在使用拉米夫定半年~一年左右产生耐药、病情复发。且要求不能中断服药，由于此药半衰期较短，也就是说服药后10~15小时，药物在血中浓度会降低一半，故不可中断服药。
拉米夫定以及其它核苷类抗病毒药物，固然都能很快抑制病毒，但停药后，病毒复制很快出现，ALT升高，个别人会发生严重肝病，使疾病恶化。这种情况被称为停药后反弹或反跳，也叫停药后肝炎。
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