益生菌不是药，至少要服用两个星期才会看到效果。对于免疫力低下的宝宝，如果要巩固效果的话建议服用2个月的周期。另外，在应用益生菌进行治疗腹泻、便秘等肠道疾病时，建议在症状完全缓解后继续服用益生菌制剂一周以上，以巩固益生菌对肠道菌群调节的功效。
不建议长期吃益生菌。
益生菌有改善宝宝肠道环境的作用，但不建议长期使用，易产生依赖性。而且宝宝本身肠道就有自己的益生菌群，免疫功能健全需要自身发育，如果长期服用益生菌会影响宝宝自身免疫系统的发育，反而不利于健康。
1.剖腹产儿、早产儿、低体重儿、人工喂养儿：这些孩子免疫力低下，三天两头不是感冒就是肠炎。
2.腹泻或便秘的宝宝：不论细菌、病毒、原虫引起的感染性腹泻，还是非感染性腹泻，都有肠道菌群失调。
3.消化不良者：小宝宝由于自身免疫系统发育尚未成熟，胃肠道消化功能较弱，易出现消化不良表现，益生菌可促进消化。
4.乳糖不耐受(“牛奶过敏”)：先天性缺乏乳糖酶，或因肠道感染、营养不良等使乳糖酶缺少时，乳糖不能被分解而导致腹胀、腹泻：益生菌可帮助分解牛奶中的乳糖，促进对牛奶中营养成分的吸。
母乳喂养是一个有菌喂养的过程，因为乳房的乳管中含有正常的益生菌群，通过母乳喂养可以将正常菌群传给孩子，让孩子尽早建立肠道的正常菌群。
对于不能母乳喂养的婴儿，最好选择富含低聚糖的配方奶粉，低聚糖又称益生元，可以起到调整肠道菌群微生态平衡的作用，例如低聚果糖可以起到增殖双歧杆菌的作用。
给宝宝添加辅食后，要食品多样化，注意富含膳食纤维的食物的摄入，如含麸子比较多的麦粉、粗粮、薯类、豆类、蔬菜和菜苗、水果、魔芋、海藻等植物性食品，这些食品富含可溶性的膳食纤维，有助于肠道益生菌的繁殖和发展、调节肠道菌群平衡。
滥用抗生素的结果就会杀死了益生菌、破坏了肠道菌群平衡，而且滥用抗生素会增强细菌耐药性，因此使用抗生素的原则是：
①能用窄谱的就不用广谱的；
②能用低级的就不用高级的；
③能用一种解决问题的就不用两种；
④没有明确病原菌可以使用广谱的，一旦明确病原菌就要选用敏感的窄谱抗生素；
⑤轻度和中度感染不建议联合用药。
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