疱疹性咽峡炎主要是由感染肠道病毒而引起的急性传染性疾病，其中以柯萨奇病毒 A 组为主要病因，还可由埃可病毒、EB 病毒、疱疹病毒及肺炎支原体等引起。
当身体劳累过度、气温突变、身体受凉时，或者某些物理、化学因素刺激，都会使身体的免疫能力下降，容易感染肠道病毒患疱疹性咽峡炎。
当某些小孩患有呼吸道疾病，出现呼吸道屏障功能不足，呼吸道粘膜柔嫩、呼吸道分泌抵抗细菌、病毒的免疫物质不足时，呼吸道的自我免疫能力减弱，容易感染肠道病毒，引起疱疹性咽峡炎。
夏季天气炎热，再加上室内空气流通不畅，所以室内空气细菌和病菌急剧繁殖，所以肠道病毒容易进入小儿呼吸道诱发此病。
疱疹性咽颊炎患者及隐性感染者是本病的主要传染源，该病主要以呼吸道、肠道为主要传播途径，空气中的飞沫、病人的唾液、疱疹液、粪便等，由于含有大量病毒，近距离接触容易受到感染。也可间接通过接触含污染的手、食品、衣服、毛巾、牙刷等用具，或者误食了被病毒污染的水和食物而传播。
疱疹性咽峡炎发病前一般会有2~4天的潜伏期，这时免疫力较强的宝宝可能并不会发病，能自身抵抗过去，而自身抵抗力弱的宝宝接下来可能会迅速发病。
幼儿如果养成不勤洗手的习惯，特别是饭前便后，还喜欢将手或者玩具等物品放在嘴里撕咬，容易感染该病。
一些托儿所或幼儿园，由于人多地方小，有时容易通风不当，如果有小孩子感染了此病，很容易传染给其他小朋友，而造成该病的大流行。
各年龄段人群均可受到该病毒的感染，但是成人的抵抗力较强，一般很少感染此病。疱疹性咽峡炎主要好发于1到7岁儿童，尤其5岁以下。因为这时的儿童自身免疫力不高，而且不懂分辨，容易误食被病毒污染过的食物或水，或者自身喜欢吸手指、不洗手等不良习惯都容易加大该病的感染机率。
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