遗传因素是指来自父母亲的遗传物质的异常而造成畸形。如：父母染色体异常、父母携带突变基因等。有时是受精卵自身发生了染色体分离异常或基因突变。近亲结婚时，由于夫妻双方携带相同异常基因的风险增加，导致某些隐性遗传病的发病率显著增加，因此近亲不宜结婚或生育。
在妊娠期间（主要指头3个月），侵入母体的各种病原体包括病毒、细菌、寄生虫等，易通过胎盘侵袭胚胎、胎儿，其中比较明确有致畸作用的病原体是风疹病毒、流行性感冒病毒、单纯疱疹病毒、巨细胞病毒及弓形体等。以风疹病毒和弓形体致畸作用最大。
药物的致畸作用已逐为人知，常见的可能致畸的药物有性激素、口服避孕药、肾上腺皮质激素、链霉素、卡那霉家、庆大霉素、四环素等。要注意的是，有肯定致畸作用的药物并不多，孕妇患病后也不要唯恐药物影响胎儿而拒绝用药，而应在医生指导下选择药物。
X线、γ射线及放射性核素射线等，可诱发基因突变，导致染色体畸变，引起畸胎、死胎、流产。怀孕前、妊娠期间特别是头3个月，应尽量避免做各种x线检查，特别是照射腹部的枪查。
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