肠炎是小儿腹泻的主要原因，其中病毒性肠炎占三分之二，常见的有轮状病毒性肠炎（俗称秋季腹泻）和诺沃克病毒感染；细菌性肠炎占三分之一，常见的有大肠杆菌感染、弯曲杆菌感染、葡萄球菌感染。
如果饮食不注意卫生，所吃食物或使用餐具被细菌、病毒污染，引起肠道外感染，如小儿呼吸道感染、中耳炎、肺炎、败血症、细菌性痢疾、阿米巴痢疾等疾病都会导致腹泻。
喂养不当也是宝宝拉肚子的重要原因。婴幼儿消化系统功能发育不够成熟，喂养不定时、喂养量过多或过少、过早添加某些食物、突然断奶等都容易造成腹泻。
宝宝肚子受凉、过热喝太多水、情绪紧张、过度疲劳等会导致婴儿体内消化酶减少或消化酶浓度降低，从而出现消化不良，引起腹泻。
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