新生儿肝炎（neonatalhepatitissyndrome）包括乙型肝炎病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、柯萨奇病毒和风疹病毒等所引起的肝炎，亦可由ECHO病毒、EB病毒、弓形虫、李司忒氏菌或各种细菌所致。这些病原体可通过胎盘感染胎儿，亦可在产程中或产后感染。少数病例与先天性代谢缺陷有关。
这是比较常见的情况，大多是由各类病毒（甲、乙肝病毒，柯萨奇病毒等等）引起的，此外还有一部分是细菌性的感染，比如梅毒螺旋体、弓形虫等等。
比如α1－抗胰蛋白酶缺乏症，或者是半乳糖血症的等等。这些疾病大多是在妊娠期间，孕母感染了单纯疱疹病毒、巨细胞病毒、风疹病毒等引起的。这些病毒不一定导致母体发病，但是会直接传给胎儿。此外，如果孕妇曾患过乙型肝炎或者是宫内感染，那么生下宝宝患新生儿肝炎的几率要比其他新生儿高。
这种情况主要是因为处于肝脏外面的胆管发育不健全，或者是胆汁过于黏稠造成的。此外肝脏或者是胆道中有肿物也可以引起新生儿肝炎。
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