不论细菌、病毒、原虫引起的感染性腹泻，还是非感染性腹泻，都会引起肠道菌群失调，补充益生菌可以恢复肠道菌群平衡。对于乳糖不耐受引发的腹泻，可以同时补充益生菌和乳糖酶。
宝宝便秘时大便干燥，排便困难，补充益生菌可以增加肠蠕动，对便秘能起到一定的缓解作用，对于长期便秘的宝宝，益生菌配合乳果糖服用，可以对大便有明显改善。
小宝宝由于自身免疫系统发育尚未成熟，胃肠道消化功能较弱，易出现消化不良表现，益生菌可促进消化。
引起鹅口疮的原因是白色念珠菌(一种霉菌)，白色念珠菌不仅侵犯口腔，还会侵犯整个消化道引起腹泻，益生菌对鹅口疮也能起到辅助治疗的效果。
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