益生菌产品虽然也可以单独食用，但最佳食用时间为饭后。因为有食物中和胃酸，更有利于活菌顺利到达肠道发挥作用，所以饭后饮用效果更佳。注意益生菌与抗生素不能同服，至少得间隔2小时以上。
益生菌不是药，至少要服用两个星期才会看到效果。对于免疫力低下的人群，如果要巩固效果的话建议服用2个月的周期。另外，在应用益生菌进行治疗腹泻、便秘等肠道疾病时，建议在症状完全缓解后继续服用益生菌制剂一周以上，以巩固益生菌对肠道菌群调节的功效。
而含益生菌的食物，如酸奶、奶酪、发酵豆乳、泡菜、食醋、发酵食物等可经常食用。
益生菌要注意即开及食，不宜暴露在空气中过久，以免失去活性。对于含益生菌的饮品，最好是在冷藏条件下取出后直接食用，避免高温加热，当温度超过60℃时，益生菌会进入衰亡阶段。
如果是冲调含有益生菌的奶粉或制剂，也要注意使用温开水（35～40℃），冲泡好的奶或益生菌制剂要及时服用，以免益生菌死亡失效。
1、腹泻和习惯性便秘人群：这类人群均有肠道菌群失调，吃些益生菌能调理肠道。
2、肠炎患者：补充益生菌可取得一定疗效。
3、消化不良者：如上腹胀满、厌食、烧心等症，检查无胃肝胆胰疾病。益生菌可促进消化。
4、中老年人：人体肠道内双歧杆菌等益生菌会随年龄老化而减少。补充益生菌可作为老人一种保健方法。
5、剖腹产儿、早产儿、低体重儿、人工喂养儿：这些孩子免疫力低下，三天两头不是感冒就是肠炎。
6、肝硬化、腹腔炎患者：补充益生菌可，降低肠内酸度和血中内毒素含量。
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