腹泻为本病的主要症状，大便外观呈稀便、蛋花样或者水样，大便颜色可以黄色、绿色或者茶色。有部分患儿大便呈奶白色，排便一般没于特殊腥臭味，无黏液及脓血，量多，一般5～10次/天，重者超过20次/天。
约有2/3的患儿会出现发热症状，体温多在37.9～39.5℃之间，较严重时可高达39度以上，多少患儿可表现精神烦躁等。
秋季腹泻除了会有明显的腹泻表现外，还可能会同时其他伴发症状如腹胀、腹鸣、腹痛和恶心、呕吐等。
秋季腹泻小儿多数会伴有呼吸道症状，如轻微的咳嗽、流鼻涕和咽部充血等。有人认为可能是同时患有感冒，其实这是秋季腹泻疾病的本身症状之一。
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